En lo que nos repecta:

MODEL:
  • Archivo en formato ".mdl"
  • Puede ser importado a un mapa mediante algún plug-in o el VHE.
  • Trabaja con más polígonos que el prefab y la mayor cantidad de las veces tiene mejor calidad.
  • Al tener mayor cantidad de polígonos suele bajar los FPS en el mapa (la cantidad de FPS que baja suele ser insignificante.)
  • Dentro del VHE un model no es considerado un sólido y por lo tanto hay que clippearlo. (Vease en algún tutorial)
  • Se importa al VHE mediante entidad como "cycler" o "cycler_sprite".
  • Son creados con programas como el "MilkShape" o el "kHED".
  • Pueden llegar a tener animación.
  • No puede ejercer sobre ellos ninguna entidad.
  • Se utilizan para dar detalles que no van a afectar la jugabilidad del mapa, asi como en lugares a los que el jugador no puede llegar o no esté interesado en tener acceso.

PREFAB:
  • Archivo en formato ".rmf", ".map" u ".ol"
  • Puede ser importado a un mapa mediante el VHE.
  • Todo Prefab es considerado como un "mapa inconcluso".
  • Fue creado con el VHE y por lo tanto trabaja con la misma cantidad de polígonos que cualquier mapa.
  • Normalmente tiene menor calidad que un model.
  • Dentro del VHE es considerado uno o varios sólidos mas.
  • Se importa al VHE abriéndolo como a cualquier archivo o incluyéndolo en la lista de prefabs. (Vease en algún tutorial)
  • Cualquier entidad ligada a un sólidopuede actuar sobre ellos.
  • Se utilizan para cualquier situación pertinente, sea para interpretar algo como para agregar detalles que no requieren mucha calidad

Espero que les sirva, estoy apurado y entonces no tengo tiempo para explicar cosas como clippear o agregar a la lista de prefabs.
Cualquier cosa que quieran agregar comenten y lo agrego.