Metodo 1: En el Batch Compiler, en la pestaña CSG seleccioná Wad Auto Detected y después compilá.
Metodo 2: Abri el VHE anda a Opciones, en la solapa Texturas tenes todos los wads que estas usando, quita los que no necesitas y pone Aceptar, ahora cerra el VHE.
Volve a abrirlo, abrí tu mapa, guarda el mapa, compila y fijate si funciona
Metodo 3: Usando el RipEnt, abrí el archivo Ent y en la primera fila dicen todos los wads que pide, si estas seguro de que no usaste ninguna textura entonces borra el WAD y volvé a importar el archivo Ent.
Espero que te funcione (usa el primer método que es el más facil)