Pues la verdad esque estabas suponiendo mal, pero dando una vuelta por el foro he encontrado la guia del Batch Compiler, lo he instalado, he modificado el parametro -chop y ahora todo vuelve a funcionar correctamente.
El problema es que no se muy bien que significan esos parametros, ni que valores tendria que utilizar.
En Chop he puesto 120 para que me permita terminar los ultimos detalles del mapa, pero me gustaria saber mas o menos que valores utilzar, primero para terminar el mapa y segundo para optimizarlo para subir los FPS.
Un saludo